Dès qu'il est entré dans le lymphocyte T4, le virus se multiplie avec une grande rapidité et se diffuse dans tout l'organisme. En réaction à sa présence, le système immunitaire (notamment les lymphocytes B) va commencer à produire des anticorps anti-VIH spécifiques, qui pourront être mis en évidence par les tests ELISA et Western blot à la fin d'une période dite de séroconversion( voir partie III). Normalement cette période, pendant laquelle une personne est porteuse du virus sans que cela soit décelable par des tests est de trois mois. Aujourd'hui, avec des tests dits de 3e et 4e génération, de plus en plus sensibles et fiables, ce délai est en constante diminution. C'est à partir du moment où ces anticorps anti-VIH peuvent être détectés que l'on parle de séropositivité pour le VIH.
La présence des anticorps prouvent que le sujet se défend contre l'infection mais, et c'est là tout le problème, son système immunitaire est incapable de détruire ces virus car le VIH modifie constamment sa structure. Dans les semaines qui suivent l'infection, les sujets réagissent très différemment : soit ils ne ressentent aucun symptôme, soit ils vont présenter un ensemble de troubles passagers connus sous le nom de primo-infection (voir ci-dessous).
Par la suite, pendant 7 à 11 ans en moyenne, le VIH continue à se multiplier et les manifestations cliniques du SIDA apparaissent chez la majorité des malades, à des degrés pouvant encore être très variables : d'après certaines études, 60% développent des troubles majeurs, 20% des troubles mineurs et 20% ne développent aucun trouble. Certains malades, dits LTS (Long Term Survivors ou survivants à long terme) n'ont toujours pas développé de symptômes après plus de 15 ans.
Chez les enfants, on connaît une forme très sévère et de très mauvais pronostic qui se déclare avant l'âge de 6 mois et qui se traduit par des signes neurologiques graves et une dépression rapide du système immunitaire. Il existe aussi une forme moins grave, d'évolution "classique", mais dans tous les cas, le SIDA peut être considéré comme plus grave chez les enfants que chez les adultes.
La phase asymptomatique de durée variable suivant les individus pouvant aller jusqu'à 12 ans. Cette période due en moyenne 7 à 10 ans en l'absence de traitement. Le virus continue à se multiplier mais à un niveau inférieur à celui de la primo-infection grâce aux réponses immunitaires et humorales développées. Le virus va s'adapter à cette pression immunitaire par l'apparition de nouveaux variants induisant à leur tour de nouvelles réponses immunitaires spécifiques. Â terme les réponses immunitaires cellulaires et humorales sont dépassées ne permettant plus ainsi le contrôle de la réplication virale. Le taux de lymphocytes T-CD4+ chute et coïncide avec l'apparition des symptômes.
Le stade SIDA se caractérise par la survenue d'infections opportunistes (pneumocytose, toxoplasmose,..) ou de proliférations cellulaires (maladie de Kaposi, lymphomes B, cancer du col utérin...). D'un point de vue biologique, la charge virale est très élevée et un taux de lymphocytes T-CD4+ inférieur à 200/mm3, signe de la profonde immunodépression.






